در غیر این صورت، فایل‌ها باید از طریق منابع Compile شوند و به دلیل اینکه با کاربر ارتباط نزدیکی پیدا می‌کنند، باید هر بار پس از بروزرسانی کرنل دوباره Compile شوند. خوشبختانه ابزارهایی مانند DKMS یا «پشتیبانی پویا ماژول‌های کرنل» به صورت خودکار تمام Module های طرف سوم را پس از نصب کرنل جدید دوباره کامپایل می‌کند تا فرآیند ارتقای هسته شبیه به ارتقای یک نرم افزار ساده باشد.
شاید دو عبارت «فضای کرنل» و «فضای کاربر» را شنیده باشید. فضای کرنل در واقع حافظه‌ای است که تنها Kernel به آن دسترسی دارد و هیچ برنامه‌ای از کاربر قادر نیست در اینجا نوشته شود. به همین دلیل است که برنامه‌های کاربران قادر به این نیستند که عملیات کرنل را دچار مشکل کند.
فضای کاربر توسط بسیاری از برنامه‌ها دسترس‌پذیر است. یکی از برتری‌ها یا نقاط متمایز لینوکس نیز به دلیل همین پایداری و امنیتی است که توانسته کرنل را دور از دسترس برنامه‌های مختلف و حتی برنامه‌هایی که می‌توانند به ریشه دسترسی داشته باشند، نگهداری کند.
اگر کرنل را به عنوان پایین‌ترین مرحله از سیستم در نظر بگیریم، بالاترین مرحله آن را رابط کاربری تشکیل می‌دهد. هر چیز دیگری، از کرنل تا رابط های ظاهر سخت‌افزار و درایور‌ها تا قبل از اینکه از کامپیوتر خود استفاده کنید، قابلیت استفاده ندارند.
رابط کاربری قادر است تعامل با تک تک اجزای مختلف سیستم را امکان پذیر کند و این کار با مدیریت پنجره‌ها در لینوکس انجام می‌شود. در گذشته مدیریت پنجره‌ها، سامانه هایی مستقل بودند که البته هنوز تعدادی از آن‌ها مانند OpenBox یا Enlightenment وجود دارند، در حالی که مدیر پنجره‌ها حالا به عنوان بخشی از یک محیط Desktop بزرگ‌تر شناخته می‌شوند. مدیر پنجره مسئول مدیریت پنجره‌های روی دسکتاپ است. وظایف مدیر پنجره شامل باز کردن، بستن، محل قرارگیری و دیگر مواردی که می‌توان روی پنجره‌ها انجام داد.
در گذر زمان رابط‌های کاربری رشد کرده‌اند و علاوه بر مدیریت پنجره، ویژگی‌های دیگری مانند نوار وظیفه یا منوی لانچر برنامه‌ها توانسته‌اند محیط دسکتاپ را بسازند.
همه چیز درباره مهاجرت از ویندوز به لینوکس
محیط دسکتاپ در واقع مجموعه‌ای از ابزارهایی است که قادر هستند ویژگی‌های لازم برای اجرای یک دسکتاپ کامل را دربرگیرند. اجرای برنامه‌ها، دستکاری پنجره‌ها، ارتباط با هر برنامه و فعال یا غیرفعال کردن آن‌ها از جمله مواردی است که یک دسکتاپ را تشکیل می‌دهند. قلب تمام ابزارهایی که محیط دسکتاپ را می‌سازند، مدیر پنجره قلب تمام تمام ابزارهایی است که محیط دسکتاپ را می‌سازند. به عنوان مثال می‌توان به مدیر پنجره KWin برای KDE و Metacity برای گنوم اشاره کرد.
چیزی که می‌تواند محیط دسکتاپ را از مدیر پنجره‌ها جدا کند مرحله ادغام و هماهنگی آن‌ها است. مدیر پنجره محیط KDE بسیار مشهور است، جایی که هر چیزی حول محور یک هسته حرکت می‌کند و برنامه‌ها نه تنها قادر هستند با یکدگیر ارتباط برقرار کنند، بلکه یک برنامه می‌تواند درون یک پنجره دیگر نیز قرار گیرد.